อินโดนีเซียนำมาใช้ระบบการศึกษาที่มีคุณภาพสูงซึ่งมีการศึกษาในสามระดับขั้นพื้นฐานที่มีระดับสูงสุดเป็นระดับมหาวิทยาลัย เมื่อเร็ว ๆ นี้ประเทศปรับห้าวิทยาลัยให้อยู่ในระดับมหาวิทยาลัยอย่างเต็มที่กับจุดมุ่งหมายของการรองรับแม้แต่นักศึกษาต่างชาติที่อาจจะศึกษาในอินโดนีเซีย โปรแกรมการศึกษาที่สูงขึ้นในประเทศอินโดนีเซียได้รับการรับรองโดยคณะกรรมการได้รับการรับรองแห่งชาติเพื่อการอุดมศึกษา ประเทศ 's เมืองหลวงคือจาการ์ตา

MSc หรือปริญญาโทวิทยาศาสตร์ เป็นระดับการศึกษาทางวิชาการที่เป็นที่ยอมรับในระดับสากลซึ่งบ่งบอกถึงความสามารถและความรู้ในหัวข้อหรือสาขาวิชาหนึ่งๆ หลักสูตร MSc ส่วนใหญ่จะใช้เวลาประมาณสี่ปีเพื่อสำเร็จการศึกษา หลังจากนั้นบางคนก็เข้าร่วมเป็นพนักงานในขณะที่คนอื่นๆ อาจยังคงศึกษาต่อในระดับต่อไป